POLECAMY
Redakcja:
Wydawca:
Format:
epub, mobi, ibuk
Książka jest jedynym podstawowym podręcznikiem do mikrobiologii na polskim rynku. W rozdziałach opisujących budowę, metabolizm i genetykę prokariotów (II-VI) omówiono zarówno cechy wspólne dla obu tych grup mikroorganizmów, jak i fundamentalne właściwości, które je odróżniają.
W rozdziale VII podsumowane zostały wyniki analiz genomicznych prokariotów oraz omówiono zjawiska wpływające na strukturę ich genomów. Wątkiem przewodnim tego rozdziału jest horyzontalny transfer genów - jego mechanizmy i główni sprawcy, czyli ruchome elementy genetyczne, o których, głównie za sprawą genomiki, gromadzimy coraz więcej informacji.
W rozdziale VIII omawiano wirusy prokariotyczne - nie tylko ich budowę i strategie namnażania się, lecz również ich rolę w środowisku naturalnym, a także zastosowania w medycynie, biotechnologii i biologii molekularnej.
Kolejny rozdział (IX) poświęcono praktycznemu wykorzystaniu prokariotów przez ludzi, które obejmuje coraz to nowe zastosowania zarówno w przemyśle (np. biopaliwa, bioenergia, bioługowanie), rolnictwie jak i ochronie środowiska (np. biodegradacja, bioremediacja).
Ostatni rozdział (X) dotyczy metod stosowanych w mikrobiologii - nie tylko tych klasycznych, lecz także najnowszych technik molekularnych, dzięki którym możliwy jest tak ogromny postęp w badaniach mikrobiologicznych.
Rok wydania | 2018 |
---|---|
Liczba stron | 480 |
Kategoria | Mikrobiologia |
Wydawca | Wydawnictwo Naukowe PWN |
ISBN-13 | 978-83-012-0331-3 |
Numer wydania | 1 |
Język publikacji | polski |
Informacja o sprzedawcy | ePWN sp. z o.o. |
POLECAMY
Ciekawe propozycje
Spis treści
Przedmowa IX | |
Najważniejsze stosowane skróty XI | |
1. Wprowadzenie | 1 |
1.1. Krótki zarys historii mikrobiologii | 1 |
1.1.1. Początki | 1 |
1.1.2. Rozwój mikrobiologii medycznej | 2 |
1.1.3. Udoskonalanie mikrobiologicznych metod badawczych | 4 |
1.1.4. Poznawanie różnorodności bakterii | 5 |
1.1.5. Odkrycie wirusów | 6 |
1.1.6. Próby klasyfikacji bakterii | 6 |
1.2. Ogólna charakterystyka mikroorganizmów | 7 |
1.3. Carl Woese i trzy domeny świata żywego | 8 |
1.4. Systematyka prokariotów | 9 |
1.4.1. Nazewnictwo prokariotów | 10 |
1.4.2. System klasyfikacji prokariotów | 11 |
1.4.3. Gatunek, podgatunek i odmiana u prokariotów | 12 |
1.5. Charakterystyka domen prokariotycznych | 13 |
1.5.1. Domena Bacteria | 13 |
1.5.2 Domena Archaea | 13 |
2. Budowa i funkcjonowanie komórek prokariotycznych | 15 |
2.1. Wielkość i morfologia komórek prokariotycznych oraz tworzone przez nie układy | 15 |
2.2. Ogólna budowa komórki prokariotycznej | 17 |
2.3. Cytoplazma, nukleoid i rybosomy | 18 |
2.4. Ziarnistości stanowiące materiały zapasowe | 18 |
2.4.1. Granule wielocukrowe | 19 |
2.4.2. Polihydroksymaślan i inne polihydroksyalkaniany | 19 |
2.4.3. Cyjanoficyna | 20 |
2.4.4. Lipidy | 20 |
2.4.5. Polifosforany | 20 |
2.4.6. Krople siarki | 20 |
2.5. Inne struktury występujące w cytoplazmie | 21 |
2.5.1. Magnetosomy | 21 |
2.5.2. Bakteryjne mikroprzedziały | 22 |
2.5.3. Pęcherzyki gazowe | 23 |
2.5.4. Węglany | 23 |
2.6. Błona komórkowa prokariotów | 24 |
2.6.1. Budowa błony komórkowej bakterii | 25 |
2.6.2. Błony wewnątrzcytoplazmatyczne bakterii | 26 |
2.6.3. Błona komórkowa archeonów | 26 |
2.6.4. Funkcje błony komórkowej | 27 |
2.6.5. Transport przez błonę komórkową | 27 |
2.7. Ściana komórkowa bakterii | 30 |
2.7.1. Budowa peptydoglikanu | 30 |
2.7.2. Biosynteza peptydoglikanu | 31 |
2.7.3. Ściana komórkowa bakterii gramdodatnich | 33 |
2.7.4. Ściana komórkowa bakterii gramujemnych | 36 |
2.7.5. Barwienie metodą Grama | 38 |
2.7.6. Ściany komórkowe archeonów | 38 |
2.8. Warstwa S archeonów i bakterii | 40 |
2.9. Otoczki i pochewki | 40 |
2.9.1. Rola otoczek | 41 |
2.9.2. Pochewki | 41 |
2.10. Sekrecja | 41 |
2.10.1. Przenoszenie białek do błony cytoplazmatycznej i przestrzeni peryplazmatycznej | 42 |
2.10.2. Przenoszenie białek przez dwie lub trzy błony | 42 |
2.11. Pęcherzyki błonowe i nanorurki | 44 |
2.11.1. Pęcherzyki błonowe | 44 |
2.11.2. Nanorurki | 45 |
2.12. Fimbrie, pilusy i włókienka amyloidowe | 45 |
2.13. Ruch prokariotów | 46 |
2.13.1. Ruch rzęskowy bakterii | 47 |
2.13.2. Inne sposoby poruszania się bakterii | 48 |
2.13.3. Struktury powierzchniowe archeonów | 50 |
2.14. Chemotaksja bakterii | 51 |
3. Metabolizm prokariotów | 53 |
3.1. Ogólna charakterystyka metabolizmu | 53 |
3.1.1. Enzymy | 54 |
3.1.2. Wymagania pokarmowe prokariotów | 55 |
3.1.3. Typy pokarmowe prokariotów | 56 |
3.1.4. Sposoby syntezy ATP | 57 |
3.2. Pierwiastki biogenne | 61 |
3.2.1. Źródła węgla | 61 |
3.2.2. Azot | 66 |
3.2.3. Siarka | 70 |
3.2.4. Fosfor | 72 |
3.2.5. Żelazo | 73 |
3.2.6. Czynniki wzrostowe | 73 |
3.3. Główne szlaki metaboliczne | 74 |
3.3.1. Główne szlaki katabolizmu cukrów | 75 |
3.3.2. Fermentacje, reakcja Sticklanda i szlak deiminazy argininowej | 79 |
3.3.3. β-oksydacja kwasów tłuszczowych | 83 |
3.3.4. Cykl kwasów trikarboksylowych | 85 |
3.3.5. Cykl glioksalowy | 86 |
3.4. Metabolizm chemolitotrofów | 87 |
3.4.1. Nitryfikacja i anamoks | 88 |
3.4.2. Utlenianie siarki i jej związków nieorganicznych | 92 |
3.4.3. Metabolizm wodoru | 93 |
3.4.4. Utlenianie tlenku węgla | 95 |
3.4.5. Utlenianie żelaza | 95 |
3.4.6. Utlenianie innych związków nieorganicznych | 96 |
3.5. Metabolizm tlenowy i beztlenowy | 97 |
3.5.1. Tlen w metabolizmie prokariotów | 97 |
3.5.2. Oddychanie | 97 |
3.5.3. Oddychanie beztlenowe | 98 |
3.5.4. Międzygatunkowy transfer elektronów i wodoru oraz syntrofia | 106 |
3.6. Metabolizm fototrofów | 107 |
3.6.1. Ogólna charakterystyka bakterii fotosyntetyzujących | 107 |
3.6.2. Ogólna charakterystyka fotosyntezy | 107 |
3.6.3. Fotosynteza anoksygenna | 110 |
3.6.4. Fotosynteza oksygenna | 113 |
3.6.5. Inny sposób wykorzystania światła przez prokarioty | 116 |
3.7. Asymilacja dwutlenku węgla i związków C1 | 116 |
3.7.1. Cykl Calvina | 118 |
3.7.2. Redukcyjny cykl kwasów trikarboksylowych | 119 |
3.7.3. Redukcyjny szlak acetylo-CoA (szlak Wooda–Ljungdahla) | 121 |
3.7.4. Podwójny cykl 3-hydroksypropionianu | 122 |
3.7.5. Asymilacja węgla u metylotrofów | 122 |
4. Wzrost i cykle życiowe prokariotów | 127 |
4.1. Wzrost bakterii w hodowlach płynnych | 127 |
4.1.1. Hodowle okresowe | 127 |
4.1.2. Hodowle ciągłe i synchronizowane | 128 |
4.2. Wpływ czynników fizyko-chemicznych na wzrost prokariotów | 129 |
4.2.1. Wpływ temperatury | 129 |
4.2.2. Wpływ pH | 132 |
4.2.3. Wpływ ciśnienia osmotycznego (w tym zasolenia) | 132 |
4.2.4. Wpływ ciśnienia hydrostatycznego | 133 |
4.2.5. Wpływ tlenu i jego form reaktywnych | 134 |
4.2.6. Wpływ innych warunków środowiska | 135 |
4.3. Wzrost i rozmnażanie prokariotów | 136 |
4.3.1. Cytoszkielet bakterii i jego udział w podziale komórki | 136 |
4.3.2. Elementy cytoszkieletu i podział komórki archeonów | 138 |
4.4. Cykle życiowe bakterii | 139 |
4.4.1. Escherichia coli | 139 |
4.4.2. Hyphomicrobium (Proteobacteria) i Pirellula (Planctomycetes) | 139 |
4.4.3. Caulobacter crescentus i Sphaerotilus natans (Proteobacteria) | 140 |
4.4.4. Epulopiscium fishelsoni (Firmicutes) | 140 |
4.4.5. Bdellovibrio bacteriovorus (Proteobacteria) | 140 |
4.4.6. Dermocarpa (Cyanobacteria) | 141 |
4.4.7. Chlamydie | 141 |
4.5. Formy przetrwalnikowe bakterii | 141 |
4.5.1. Endospory (Firmicutes) | 141 |
4.5.2. Spory (konidia) promieniowców (Actinobacteria) | 143 |
4.5.3. Egzospory i cysty (Proteobacteria) | 144 |
4.5.4. Miksospory bakterii śluzowych (Proteobacteria) | 145 |
4.5.5. Akinety sinic nitkowatych (Cyanobacteria) | 146 |
5. Udział prokariotów w funkcjonowaniu biosfery | 147 |
5.1. Mikroorganizmy a granice biosfery | 147 |
5.2. Podstawowe terminy i pojęcia stosowane w ekologii mikroorganizmów i mikrobiologii środowisk | 148 |
5.2.1. Relacje troficzne w ekosystemach | 148 |
5.3. Miejsca występowania prokariotów na Ziemi | 149 |
5.3.1. Gleby | 149 |
5.3.2. Wody | 150 |
5.3.3. Inne środowiska | 154 |
5.4. Formy występowania prokariotów w środowisku | 156 |
5.4.1. Konsorcja | 156 |
5.4.2. Maty mikroorganizmów | 157 |
5.4.3. Biofilmy | 159 |
5.5. Udział prokariotów w obiegu pierwiastków | 160 |
5.5.1. Udział prokariotów w obiegu węgla | 161 |
5.5.2. Udział prokariotów w obiegu azotu | 162 |
5.5.3. Udział prokariotów w obiegu siarki | 163 |
5.5.4. Udział prokariotów w obiegu żelaza i innych pierwiastków | 164 |
5.6. Oddziaływania prokariotów z innymi organizmami – symbiozy | 165 |
5.6.1. Protokooperacja | 165 |
5.6.2. Komensalizm | 166 |
5.6.3. Mutualizm | 166 |
5.6.4. Współzawodnictwo i antagonizm | 169 |
5.6.5. Drapieżnictwo i pasożytnictwo | 169 |
5.7. Bakterie oddziałujące z organizmem człowieka | 170 |
5.7.1. Odporność wrodzona i odporność nabyta | 170 |
5.7.2. Mikrobiota człowieka | 172 |
5.7.3. Podstawowe terminy stosowane w mikrobiologii lekarskiej | 175 |
5.7.4. Czynniki wirulencji umożliwiające skuteczne działanie patogenów | 176 |
5.7.5. Toksyny bakteryjne | 178 |
5.7.6. Unikanie mechanizmów obronnych gospodarza przez patogeny | 181 |
5.7.7. Choroby bakteryjne i ich objawy | 182 |
5.7.8. Profilaktyka chorób zakaźnych – szczepienia | 183 |
5.7.9. Leczenie chorób bakteryjnych – chemioterapeutyki | 186 |
5.8. Symbiozy bakterii z roślinami | 191 |
5.8.1. Symbiozy korzystne dla roślin | 191 |
5.8.2. Symbiozy niekorzystne dla roślin | 193 |
6. Genetyka prokariotów | 197 |
6.1. Organizacja genetyczna genomów prokariotycznych | 197 |
6.1.1. Budowa DNA | 198 |
6.1.2. Struktura chromosomów prokariotycznych | 199 |
6.2. Replikacja chromosomowego DNA | 200 |
6.2.1. Mechanizm replikacji chromosomu u bakterii | 200 |
6.2.2. Mechanizm replikacji chromosomu u archeonów | 203 |
6.3. Transkrypcja | 204 |
6.3.1. Geny i operony | 204 |
6.3.2. Rodzaje i funkcje RNA | 205 |
6.3.3. Mechanizm transkrypcji u bakterii | 206 |
6.3.4. Mechanizm transkrypcji u archeonów | 208 |
6.4. Translacja | 209 |
6.4.1. Kod genetyczny | 209 |
6.4.2. Rybosomy – budowa i funkcja | 210 |
6.4.3. Mechanizm translacji u bakterii | 210 |
6.4.4. Mechanizm translacji u archeonów | 213 |
6.4.5. Potranslacyjna obróbka białek | 213 |
6.5. Regulacja ekspresji genów | 213 |
6.5.1. Kontrola pozytywna i negatywna – aktywatory i represory | 214 |
6.5.2. Układy dwuskładnikowe | 216 |
6.5.3. Wyczuwanie liczebności | 216 |
6.5.4. Globalne systemy regulacji ekspresji genów | 217 |
6.5.5. Ryboregulacja | 218 |
6.6. Mutacje i naprawa DNA | 219 |
6.6.1. Typy mutacji i czynniki mutagenne | 219 |
6.6.2. Mechanizmy naprawy uszkodzeń DNA | 220 |
6.6.3. Regulon SOS | 222 |
7. Zmienność prokariotów i horyzontalny transfer genów | 225 |
7.1. Czynniki wpływające na zmienność genomów bakteryjnych | 225 |
7.2. Rekombinacja homologiczna i nieuprawniona | 226 |
7.2.1. Rekombinacja homologiczna | 226 |
7.2.2. Rekombinacja zlokalizowana | 227 |
7.2.3. Transpozycja | 228 |
7.3. Ruchome elementy genetyczne bakterii | 230 |
7.4. Plazmidy | 230 |
7.4.1. Ogólna charakterystyka i klasyfikacja plazmidów | 231 |
7.4.2. Wpływ plazmidów na strukturę genomów bakteryjnych | 232 |
7.4.3. Replikacja plazmidów | 232 |
7.4.4. Stabilność plazmidów | 235 |
7.4.5. Transfer koniugacyjny plazmidów | 237 |
7.5. Elementy transpozycyjne | 238 |
7.5.1. Klasyfikacja i struktura genetyczna autonomicznych TE | 239 |
7.5.2. Wpływ transpozonów na strukturę genomów i zmienność bakterii | 240 |
7.5.3. Regulacja częstości transpozycji | 241 |
7.6. Inne grupy ruchomych elementów genetycznych | 242 |
7.6.1. Kaspozony | 242 |
7.6.2. Elementy integrujące z DNA | 242 |
7.6.3. Mobilne introny i inteiny | 244 |
7.7. Horyzontalny transfer genów | 245 |
7.7.1. Mechanizmy horyzontalnego transferu genów | 245 |
7.7.2. Bariery horyzontalnego transferu genów | 249 |
7.7.3. Ruchome elementy genetyczne i HGT u archeonów | 249 |
8. Wirusy i inne niekomórkowe czynniki infekcyjne | 251 |
8.1. Ogólna charakterystyka wirusów | 251 |
8.1.1. Informacje wstępne | 251 |
8.1.2. Genomy wirusów | 252 |
8.1.3. Struktura cząstek wirusowych (wirionów) | 253 |
8.1.4. Oficjalna klasyfikacja wirusów | 256 |
8.1.5. Klasyfikacja wirusów według Baltimore’a | 256 |
8.1.6. Rozprzestrzenianie się wirusów | 259 |
8.1.7. Zakres gospodarzy i tropizm wirusów | 260 |
8.1.8. Cykl replikacyjny wirusów | 261 |
8.2. Wirusy infekujące bakterie | 265 |
8.2.1. Charakterystyka bakteriofagów i ich cykle infekcyjne | 265 |
8.2.2. „Wyścig zbrojeń” między bateryjnymi gospodarzami a ich wirusami | 273 |
8.2.3. Archeowirusy | 277 |
8.3. Czynniki subwirusowe | 278 |
8.3.1. Wiroidy | 278 |
8.3.2. Satelity | 279 |
8.3.3. Priony | 280 |
8.4. Znaczenie wirusów | 281 |
8.4.1. Znaczenie ekologiczne wirusów | 281 |
8.4.2. Znaczenie ewolucyjne wirusów | 281 |
8.4.3. Wirusy jako czynniki chorobotwórcze | 282 |
8.4.4. Zastosowanie wirusów | 283 |
9. Wykorzystanie drobnoustrojów prokariotycznych w przemyśle i ochronie środowiska | 287 |
9.1. Przemysłowe zastosowania mikroorganizmów | 287 |
9.1.1. Przemysł farmaceutyczny | 288 |
9.1.2. Przemył spożywczy | 290 |
9.1.3. Przemył chemiczny | 293 |
9.2. Wykorzystanie drobnoustrojów w rolnictwie | 296 |
9.2.1. Mikrobiologiczne środki ochrony roślin | 296 |
9.2.2. Mikrobiologiczna stymulacja wzrostu i plonowania roślin | 297 |
9.3. Zastosowanie mikroorganizmów w ochronie środowiska | 298 |
9.3.1. Bioremediacja | 298 |
9.3.2. Technologie oczyszczania ścieków | 308 |
9.3.3. Zagospodarowanie odpadów organicznych do produkcji biopaliw i bioenergii | 311 |
10. Metody stosowane w mikrobiologii | 317 |
10.1. Metody hodowlane | 317 |
10.1.1. Pożywki mikrobiologiczne | 317 |
10.1.2. Sterylizacja | 321 |
10.1.3. Metody posiewu mikroorganizmów na podłoża i inkubacji hodowli | 324 |
10.1.4. Metody izolowania czystych kultur i określania liczebności mikroorganizmów | 326 |
10.1.5. Klasyczne metody pracy z bakteriofagami | 328 |
10.1.6. Metody przechowywania mikroorganizmów i bakteriofagów | 329 |
10.2. Metody mikroskopowe | 330 |
10.2.1. Ogólne wprowadzenie do obrazowania w mikroskopie optycznym | 330 |
10.2.2. Techniki obserwacji stosowane w mikroskopii optycznej | 331 |
10.2.3. Wykorzystanie klasycznej mikroskopii optycznej w mikrobiologii | 333 |
10.2.4. Wykorzystanie mikroskopu epifluorescencyjnego i konfokalnego w badaniach prokariotów | 334 |
10.2.5. Mikroskopia elektronowa – zastosowanie w mikrobiologii | 337 |
10.3. Metody molekularne | 338 |
10.3.1. Genomika – metody sekwencjonowania DNA | 338 |
10.3.2. Metagenomika | 339 |
10.3.3. Transkryptomika, proteomika i metabolomika | 340 |
Polecana literatura i strony internetowe | 341 |
Addendum 1 | 343 |
Addendum 2 | 347 |
Skorowidz | 353 |