Genomy

1 opinia

Format:

epub, mobi, ibuk

DODAJ DO ABONAMENTU

WYBIERZ RODZAJ DOSTĘPU

161,10  179,00

Format: epub, mobi

 

Dostęp online przez myIBUK

WYBIERZ DŁUGOŚĆ DOSTĘPU

Cena początkowa: 179,00 zł (-10%)

Najniższa cena z 30 dni: 89,50 zł  


161,10

w tym VAT

TA KSIĄŻKA JEST W ABONAMENCIE

Już od 24,90 zł miesięcznie za 5 ebooków!

WYBIERZ SWÓJ ABONAMENT

Nowoczesny podręcznik na temat genomów i sposobach ich badania!


Tłumaczenie czwartego wydania znanego w świecie podręcznika genetyki molekularnej. Książka jest podzielona na cztery części: sekwencjonowanie genów wraz z przypisaniem im określonych białek, anatomia genomu, funkcjonowanie genomu oraz replikacja i ewolucja genomów. Uwzględnia genomy wszystkich rodzajów organizmów: wirusów, bakterii, grzybów, roślin i zwierząt oraz ludzi.


Część I - Badanie genomów - podstawowe pojęcia genetyki molekularnej, najważniejsze metody badawcze: technikę rekombinowania i klonowania DNA, PCR, sekwencjonowanie DNA, mikromacierze DNA, a także metody sporządzania map genetycznych wywodzące się jeszcze z czasów genetyki klasycznej. Dużo miejsca poświęcono genomowi człowieka, znakomicie nadającemu się do przedstawienia strategii sekwencjonowania dużych genomów.


Część II - Anatomia genomów - strukturę genomów pro- i eukariotycznych, ze szczególnym uwzględnieniem genomu ludzkiego.


Część III - Funkcjonowanie genomów - mechanizmy transkrypcji i translacji oraz regulację ekspresji genów na różnych poziomach. Dzięki starannie dobranym przykładom regulacji ekspresji genów u różnych organizmów, znakomicie pokazano różnorodność mechanizmów zjawiska regulacji genetycznej. Przedstawiono problem różnicowania i rozwoju organizmów, począwszy od bakteriofagów i bakterii przez nicienie i muszkę owocową, a także procesy powstawania przeciwciał i receptorów limfocytów, które to procesy są omówione w kontekście zmian w genomie i rearanżacji zachodzących na poziomie DNA.


Część IV - Replikacja i ewolucja genomów - zagadnienia replikacji kwasów nukleinowych, mutacji i rekombinacji. Jest także rozdział o ewolucji genomów i filogenetyce molekularnej.
Każdy rozdział zawiera zestaw krótkich pytań i pogłębionych zagadnień, jak również dołączoną listę dalszych lektur. Na końcu książki znajduje się obszerny słownik terminów.


Krótkie pytania. Pytania pokrywają zawartość każdego rozdziału i są sformułowane w prosty sposób. Odpowiedzi na nie można znaleźć, sprawdzając odpowiednią partię tekstu. Student może wykorzystać te pytania w celu systematycznego zapoznania się z treścią rozdziału lub wybrać niektóre z nich w celu sprawdzenia możliwości udzielenia odpowiedzi na określone zagadnienia. Krótkie pytania mogą być też wykorzystywane do przygotowania testów sprawdzających.
Problemy pogłębione wymagają bardziej szczegółowych odpowiedzi. Różnią się charakterem i stopniem trudności.


Dalsze lektury. Ich lista jest zamieszczona na końcu każdego rozdziału i zawiera te artykuły naukowe, artykuły przeglądowe i książki, które uznałem za najlepsze źródło dodatkowych materiałów.


Słowniczek określa znaczenie każdego terminu, który w tekście jest zaznaczony pogrubionym drukiem, a także wielu terminów, które czytelnik może spotkać w książkach i artykułach wymienionych w liście lektur.


W tym wydaniu na pierwszy plan wysuwa się rozwój transkryptomiki i genomiki, który osiągnął taki poziom, że można było opisać procesy transkrypcji i translacji zachodzące w całych genomach, a nie na podstawie procesów ekspresji pojedynczych genów.


Podręcznik jest przeznaczony przede wszystkim dla studentów: biologii, biotechnologii, bioinformatyki, medycyny, farmacji, rolnictwa i innych pokrewnych kierunków oraz dla początkujących pracowników nauki w tych dziedzinach. Jest również skierowany do wszystkich, którzy chcieliby się dowiedzieć, czym jest współczesna genetyka.


Rok wydania2019
Liczba stron496
KategoriaBiologia molekularna
WydawcaWydawnictwo Naukowe PWN
ISBN-13978-83-01-20885-1
Numer wydania3
Język publikacjipolski
Informacja o sprzedawcyePWN sp. z o.o.

Ciekawe propozycje

Spis treści

  Rozdział 1 1
  Genomy, transkryptomy i proteomy 1
    1.1. DNA    2
    Geny zbudowane są z DNA    3
    DNA jest polimerem zbudowanym z nukleotydów    4
    Łączenie się zasad w pary i asocjacja warstwowa stabilizują podwójna helisę    8
    Podwójna helisa jest strukturą elastyczną    9
    1.2. RNA i tran skryptom    11
    RNA jest drugim rodzajem polinukleotydu    11
    Rodzaje RNA w komórce    12
    Wiele RNA jest syntetyzowanych jako cząsteczki prekursorowe    13
    Różne definicje transkryptomu    15
    1.3. Białka i proteom    15
    Cztery hierarchiczne poziomy struktury białka    16
    Różnorodność białek wynika z różnorodności aminokwasów    17
    Powiązanie transkryptomu z proteomem    18
    Kod genetyczny nie jest uniwersalny    20
    Powiązanie proteomu z biochemią komórki    21
    Podsumowanie 22
    Krótkie pytania otwarte 23
    Pytania problemowe 23
    Literatura uzupełniająca    24
  Rozdział 2    25
  Analiza DNA 25
    2.1. Enzymy służące do manipulacji DNA    26
    Sposób działania polimerazy DNA zależnej od matrycy    26
    Typy polimeraz DNA stosowane w badaniach naukowych    28
    Endonukleazy restrykcyjne umożliwiają cięcie cząsteczek DNA w ściśle określonych pozycjach    29
    Do analizy wyników trawienia restrykcyjnego wykorzystuje się elektroforezę w żelu    30
    Fragmenty DNA można identyfikować metodą hybrydyzacji Southerna    32
    Ligazy łączą ze sobą fragmenty DNA    33
    Enzymy modyfikujące końce    35
    2.2. Reakcja łańcuchowa polimera zy (PCR)    35
    Przeprowadzanie PCR    35
    Przyrost ilości produktu w reakcji PCR można śledzić    36
    PCR ma wiele różnorodnych zastosowań    37
    2.3. Klonowanie DNA    37
    Dlaczego klonowanie jest ważne?    38
    Najprostsze wektory do klonowania są oparte na plazmidach z E. coli    38
    Jako wektorów do klonowania można także użyć bakteriofagów    40
    Wektory dla dłuższych fragmentów DNA    43
    DNA można klonować w organizmach innych niż E. coli    44
    Podsumowanie    46
    Krótkie pytania otwarte    46
    Pytania problemowe 47
    Literatura uzupełniająca    47
  Rozdział 3 49
  Mapowanie genomów 49
    3.1. Dlaczego mapa genomu jest ważna    49
    Mapy genomu są potrzebne do sekwencjonowania bardziej złożonych genomów    49
    Mapy genomowe to nie tylko pomoc przy sekwencjonowniu    51
    3.2. Mar kery do mapowania genetycznego    51
    Pierwszymi stosowanymi markerami były geny    52
    RFLP i SSLP są przykładami markerów DNA    53
    Polimorfizmy punktowe są najbardziej użytecznymi markerami DNA    55
    3.3. Podstawy mapowania genetycznego    57
    Podstawy dziedziczenia i odkrycie sprzężenia    57
    Częściowe sprzężenie można wyjaśnić zachowaniem chromosomów w czasie mejozy    58
    Od częściowego sprzężenia do mapowania genetycznego    61
    3.4. Przeprowadzanie analizy sprzężeń w różnych typach organizmów    62
    Analiza sprzężeń, gdy możliwe są planowane eksperymenty hodowlane    62
    Mapowanie genów przez analizę rodowodów u człowieka    64
    Mapowanie genetyczne u bakterii    65
    Ograniczenia analizy sprzężeń    67
    3.5. Mapowanie fizyczne przez bezpośrednie badanie cząsteczek DNA    67
    Konwencjonalne mapowanie restrykcyjne można stosować tylko do małych cząsteczek DNA    68
    Mapowanie optyczne pozwala na lokalizację miejsc restrykcyjnych w dłuższych cząsteczkach DNA    69
    Mapowanie optyczne można wykorzystać do mapowania innych elementów w cząsteczce DNA    71
    3.6. Mapowanie fizyczne przez przypisywanie markerów do fragmentów DNA    73
    Każda unikalna sekwencja może być STS    74
    Fragmenty DNA do mapowania STS można uzyskać jako hybrydy radiacyjne    74
    Jako odczynnika do mapowania można także użyć biblioteki klonów    75
    Podsumowanie    76
    Krótkie pytania otwarte 77
    Pytania problemowe 77
    Literatura uzupełniająca 78
  Rozdział 4 79
  Sekwencjonowanie genomów 79
    4.1. Sekwencjonowanie metodą terminacji łańcucha    79
    Metoda terminacji łańcucha w zarysie    79
    Nie wszystkie polimerazy DNA można wykorzystać w sekwencjonowaniu    82
    Sekwencjonowanie metodą terminacji łańcucha z zastosowaniem polimerazy Taq    82
    Zalety i ograniczenia sekwencjonowania metodą terminacji łańcucha    83
    4.2. Sekwencjonowanie metoda mi nowej genera cji    85
    Metody nowej generacji wymagają przygotowania bibliotek do sekwencjonowania    85
    Opracowano różne metody sekwencjonowania nowej generacji    86
    Metody trzeciej i czwartej generacji umożliwiają sekwencjonowanie w czasie rzeczywistym    89
    4.3. Jak zsekwencjonować genom    91
    Możliwości strategii shotgun udowodniono, sekwencjonując genom Haemophilus influenzae    91
    Strategię shotgun wykorzystano do zsekwencjonowania wielu genomów
    prokariotycznych    93
    Sekwencjonowanie genomów eukariotycznych strategią shotgun wymaga zastosowania zaawansowanych programów do składania    94
    Do sekwencjonowania bardziej złożonych genomów można wykorzystać hierarchiczną strategię shotgun    96
    Czym jest sekwencja genomu i czy zawsze jej potrzebujemy?    99
    4.4. Przegląd projektów sekwencjonowania genomów eukariotycznych    101
    Projekt Poznania Genomu Człowieka: sekwencjonowanie genomu w czasach heroicznych    101
    Genom neandertalczyka: poznanie genomu wymarłego gatunku z wykorzystaniem genomu człowieka jako sekwencji odniesienia    103
    Genom pandy wielkiej: sekwencjonowanie shotgun oparte wyłącznie na metodach nowej generacji    104
    Genom jęczmienia: pojęcie przestrzeni genów    106
    Podsumowanie 107
    Krótkie pytania otwarte 108
    Pytania problemowe 109
    Literatura uzupełniająca 109
  Rozdział 5 111
  Anotacja genomu 111
    5.1. Lokalizowanie genów w sekwencjach DNA przez komputerową analizę sekwencji    111
    Obszary kodujące genów są otwartymi ramkami odczytu    111
    Proste skanowania ORF są mniej wydajne dla większych DNA eukariotycznych    112
    Szukanie genów niekodujących RNA    114
    Poszukiwanie homologii i genomika porównawcza nadają śledzeniu sekwencji nowy wymiar    115
    5.2. Anotacja gemomu przez analizę tran skryptów genów    116
    Test hybrydyzacyjny pozwala ustalić, czy fragment zawiera sekwencję ulegającą ekspresji    117
    Istnieją metody dokładnego mapowania końców transkryptów    118
    Granice ekson–intron można dokładnie zlokalizować    118
    5.3. Anotacja przez całogenomowe mapowanie RNA    119
    Mikromacierze dachówkowe umożliwiają mapowanie transkryptów na chromosomach lub całych genomach    119
    Sekwencje transkryptów można zmapować bezpośrednio w genomie    121
    5.4. Przeglądar ki genomów    123
    Podsumowanie 124
    Krótkie pytania otwarte 124
    Zadania problemowe 125
    Literatura uzupełniająca 125
  Rozdział 6 127
  Ustalanie funkcji genu 127
    6.1. Komputerowa analiza funkcji genu    127
    Homologia odzwierciedla związki ewolucyjne    127
    Analiza homologii może dostarczyć informacji o funkcji całego genu lub jego segmentów    128
    Identyfikacja domen białkowych może pomóc przypisać funkcję nieznanemu genowi    129
    Przypisywanie funkcji genom wymaga jednolitej terminologii    130
    6.2. Przypisywanie funkcji przez inaktywację i nadekspresję genu    131
    Analiza funkcjonalna przez inaktywację genu    131
    Geny można inaktywować przez rekombinację homologiczną    132
    Inaktywacja genu bez rekombinacji homologicznej    133
    Do określania funkcji można także wykorzystać nadekspresję genu    135
    Fenotypowy efekt inaktywacji jest czasem trudny do zaobserwowania    136
    6.3. Zrozumienie funkcji genu przez badan ia wzoru ekspresji i produktu białkowego    136
    Do szczegółowego badania funkcji genu można wykorzystać mutagenezę ukierunkowaną    138
    6.4. Wykorzystanie konwencjonalnej analizy genetycznej do identyfikacji funkcji genu    141
    Identyfikacja ludzkich genów związanych z chorobami dziedzicznymi    141
    Całogenomowe badania asocjacyjne także pozwalają na identyfikację genów związanych z chorobami i innymi cechami    142
    Podsumowanie 143
    Krótkie pytania otwarte 144
    Zadania problemowe    144
    Literatura uzupełniająca 145
  Rozdział 7 147
  Eukariotyczne genomy jądrowe 147
    7.1. Genomy jądrowe znajdują się w chromosomach    147
    Chromosomy są znacznie krótsze niż zawarte w nich cząsteczki DNA    147
    Specyficzne właściwości chromosomów metafazowych    149
    Oddziaływania DNA–białko w centromerach i telomerach    151
    7.2. W jaki sposób geny są zorganizowane w genomie jądrowym?    153
    Geny nie są rozmieszczone równomiernie w obrębie genomu    153
    Odcinek genomu człowieka    154
    Genom drożdży jest bardzo zwarty    156
    Organizacja genów u innych eukariontów    158
    7.3. Ile jest genów i jakie są ich funkcje?    159
    Liczby genów mogą być mylące    159
    Katalogi genów ujawniają cechy charakterystyczne różnych organizmów    161
    Rodziny genów    164
    Pseudogeny i inne relikty ewolucyjne    165
    7.4. Za wartość powtarzającego się
    DNA w eukariotycznych genomach jądrowych    167
    DNA powtórzony tandemowo znajduje się w centromerach i innych miejscach w chromosomach eukariotycznych    168
    Minisatelity i mikrosatelity    168
    Powtórzenia rozproszone    169
    Podsumowanie 170
    Krótkie pytania otwarte 170
    Pytania problemowe 171
    Literatura uzupełniająca 171
  Rozdział 8 173
  Genomy prokariontów i organelli eukariotycznych    173
    8.1. Właściwości fizyczne genomów prokariotycznych    173
    Tradycyjny obraz chromosomu prokariotycznego    173
    Niektóre bakterie mają genomy liniowe lub wieloczęściowe    175
    8.2. Właściwości genetyczne genomów prokariotycznych    178
    Organizacja genów w genomie E. coli K12    178
    Operony są cechą charakterystyczną genomów prokariotycznych    180
    Rozmiary genomów i liczba genów u prokariontów różnią się w zależności od złożoności biologicznej    181
    Rozmiary genomów i liczba genów różnią się w obrębie poszczególnych gatunków    182
    Rozróżnienie między gatunkami prokariotycznymi rozmywa się jeszcze bardziej za sprawą poziomego transferu genów    184
    Metagenomy opisują członków społeczności    186
    8.3. Eukariotyczne genomy organellarne    187
    Teoria endosymbiozy wyjaśnia pochodzenie genomów organellarnych    187
    Większość genomów organellarnych jest kolista    188
    Katalogi genów z genomów organellarnych    189
    Podsumowanie 191
    Krótkie pytania otwarte 192
    Pytania problemowe    192
    Literatura uzupełniająca    193
  Rozdział 9 195
  Genomy wirusów i ruchome elementy genetyczne    195
    9.1. Genomy ba kteriofagów i wirusów eukariotycznych    195
    Genomy bakteriofagów mają zróżnicowane struktury i organizację    195
    Strategie replikacji genomów bakteriofagowych    197
    Struktury i strategie replikacji eukariotycznych genomów wirusowych    198
    Niektóre retrowirusy powodują nowotwory    199
    Genomy na granicy życia    201
    9.2. Ruchome elementy genetyczne    201
    Transpozony RNA z długimi końcowymi powtórzeniami są spokrewnione z retroelementami wirusowymi    202
    Niektóre transpozony RNA nie mają długich końcowych powtórzeń    204
    Transpozony DNA występują powszechnie w genomach prokariotycznych    205
    Transpozony DNA są mniej powszechne w genomach eukariotycznych    206
    Podsumowanie 207
    Krótkie pytania otwarte 208
    Pytania problemowe 208
    Literatura uzupełniająca 209
  Rozdział 10 211
  Dostępność genomu    211
    10.1. Wewnątrz jądra    211
    Jądro ma uporządkowaną strukturę wewnętrzną    212
    W niedzielącym się jądrze stopień upakowania
    DNA jest różny    213
    Uważa się, że chromosomowy DNA jest połączony z macierzą jądrową    214
    Każdy chromosom zajmuje w jądrze swoje własne terytorium    215
    Każdy chromosom zawiera grupy domen powiązanych topologicznie    216
    Izolatory wyznaczają granice domen powiązanych topologicznie    218
    10.2. Modyfikacje nukleosomów a ekspresja genomu    220
    Acetylacja histonów wpływa na wiele funkcji jądrowych, łącznie z ekspresją genomu    220
    Deacetylacja histonów prowadzi do zablokowania aktywnych rejonów genomu    221
    Acetylacja nie jest jedynym rodzajem modyfikacji histonów    222
    Remodelowanie nukleosomów również wpływa na ekspresję genomu    223
    10.3. Modyfikacje DNA a ekspresja genomu    225
    Wyciszanie genomu przez metylację DNA    226
    Metylacja wiąże się z piętnowaniem genomowym i inaktywacją chromosomu X    226
    Podsumowanie 228
    Krótkie pytania otwarte 229
    Pytania problemowe 229
    Literatura uzupełniająca 230
  Rozdział 11 231
  Rola białek wiążących DNA w ekspresji genomu 231
    11.1. Metody badan ia białek wiążących DNA i ich miejsc wiązania    231
    Krystalografia rentgenowska dostarcza danych dotyczących struktury dla każdego białka, które uda się skrystalizować    231
    Spektroskopia NMR jest wykorzystywana do badania struktury małych białek    233
    Badanie spowolnienia migracji w żelu pozwala zidentyfikować fragmenty DNA wiążące białka    234
    Testy ochrony przed modyfikacją precyzyjniej określają położenie miejsc wiążących białko    234
    Nukleotydy bezpośrednio oddziałujące z białkiem można zidentyfikować, stosując test zakłócania modyfikacji    237
    Wyszukiwanie w genomie miejsc wiążących białka    237
    11.2. Specyficzne cechy białek wiążących DNA    239
    Domena typu helisa–skręt–helisa występuje w białkach prokariotycznych i eukariotycznych    240
    W białkach eukariotycznych wiążących się z DNA często występują palce cynkowe    240
    Inne rodzaje domen wiążących kwasy nukleinowe    241
    11.3. Oddziaływanie między DNA a wiążącymi je białkami    242
    Bezpośredni odczyt informacji zawartej w sekwencji nukleotydów    242
    Sekwencja nukleotydów pośrednio wpływa na strukturę helisy    243
    Oddziaływania między DNA a białkami    243
    Podsumowanie 244
    Krótkie pytania otwarte 245
    Pytania problemowe 245
    Literatura uzupełniająca 246
  Rozdział 12    247
  Transkryptomy 247
    12.1. Składniki tran skryptomu mRNA jest mało liczną, ale za to złożoną częścią transkryptomu    247
    Krótkie niekodujące RNA mają różne funkcje    249
    Długie niekodujące RNA są zagadkowymi transkryptami    250
    Do badania zawartości transkryptomów wykorzystuje się analizy na mikromacierzach i sekwencjonowanie RNA    252
    12.2. Synteza składników tran skryptomu    254
    Polimerazy RNA są maszynami molekularnymi do wytwarzania RNA    254
    Miejsca rozpoczęcia transkrypcji są wskazywane przez sekwencje promotorowe    255
    Synteza RNA bakteryjnych jest regulowana przez białka represorowe i aktywatorowe    258
    Synteza bakteryjnego RNA jest również regulowana przez kontrolowanie terminacji transkrypcji    261
    Synteza eukariotycznego RNA jest regulowana głównie przez białka aktywatorowe    263
    12.3. Degrada cja składników tran skryptomu    265
    Znanych jest kilka procesów nieswoistego rozkładu RNA    265
    Wyciszanie RNA zidentyfikowano po raz pierwszy jako sposób niszczenia inwazyjnego wirusowego RNA    266
    MikroRNA regulują ekspresję genomu, powodując degradację konkretnych docelowych mRNA    268
    12.4. Wpływ obróbki RNA na skład tran skryptomu    268
    Szlak wycinania intronów z eukariotycznych pre-mRNA    269
    Proces składania RNA musi mieć wysoki stopień precyzji    271
    Elementy wzmacniaczy i wyciszaczy determinują szlaki alternatywnego składania RNA    272
    12.5. Badan ia tran skryptomów    274
    Analizy transkryptomów jako narzędzie do anotacji genomu    274
    Transkryptomy komórek nowotworowych    276
    Badania transkryptomów w odpowiedzi roślin na stres    277
    Podsumowanie    279
    Krótkie pytania otwarte    280
    Pytania problemowe    280
    Literatura uzupełniająca 281
  Rozdział 13 283
  Proteomy    283
    13.1. Badanie składu proteomu    283
    Etap rozdziału białek w analizie profili białkowych    284
    Etap identyfikacji białek w analizie profili białkowych    286
    Porównywanie składu dwóch proteomów    288
    Analityczne mikromacierze białkowe są alternatywną metodą w analizie profili białkowych    290
    13.2. Identyfikacja białek, które oddziałują ze sobą    291
    Identyfikacja par oddziałujących ze sobą białek    291
    Identyfikacja składników kompleksów zbudowanych z wielu białek    294
    Identyfikacja interakcji funkcjonalnych    295
    Mapy interakcji białko–białko pokazują oddziaływania w proteomie    296
    13.3. Synteza i degrada cja składników proteomu    298
    Rybosomy są molekularnymi maszynami wytwarzającymi białka    298
    Bakterie w czasie stresu inaktywują rybosomy, by zredukować swój proteom    300
    Czynniki inicjacyjne pośredniczą w przebudowie proteomu eukariotycznego na dużą skalę    302
    Translacja poszczególnych mRNA może być również regulowana specyficznie    303
    Degradacja składników proteomu    304
    13.4. Wpływ procesów dojrzewania białek na skład proteomu    305
    Sekwencja aminokwasowa białka zawiera instrukcję jego fałdowania    305
    Niektóre białka są aktywowane przez cięcie proteolityczne    308
    Istotne zmiany w aktywności białka mogą wynikać z modyfikacji chemicznych    310
    13.5. Wyjść poza proteom    312
    Metabolom jest kompletnym zbiorem metabolitów występujących w komórce    312
    Biologia systemów umożliwia opisanie aktywności komórki w sposób zintegrowany    313
    Podsumowanie 316
    Krótkie pytania otwarte 316
    Pytania problemowe 317
    Literatura uzupełniająca    317
  Rozdział 14 319
  Ekspresja genomu w kontekście komórek i organizmów 319
    14.1. Odpowiedź genomu na sygnały zewnętrzne    319
    Przesyłanie sygnału przez import zewnątrzkomórkowego związku sygnalizującego    320
    Białka receptorowe przenoszą sygnały przez błony komórkowe    322
    Niektóre szlaki przekazywania sygnału mają tylko kilka etapów między receptorem a genomem    323
    Niektóre szlaki przekazywania sygnału mają wiele etapów między receptorem a genomem    324
    Niektóre szlaki przekazywania sygnału działają za pośrednictwem przekaźników wtórnych    325
    14.2. Zmiany w aktywności genomu prowadzące do różnicowania komórkowego    326
    Niektóre procesy różnicowania obejmują zmiany w strukturze chromatyny    326
    Typy płciowe drożdży są determinowane przez konwersję genu    327
    Rearanżacje genomu są odpowiedzialne za różnorodność immunoglobulin i receptorów komórek T    329
    14.3. Zmiany w aktywności genomu leżące u podstaw rozwoju    331
    Bakteriofag λ: przełącznik genetyczny umożliwia dokonanie wyboru między alternatywnymi szlakami rozwojowymi    332
    Sporulacja u Bacillus: koordynacja aktywności dwóch odrębnych typów komórek    333
    Caenorhabditis elegans: podstawa genetyczna informacji pozycyjnej i określania losu komórek    336
    Muszka owocowa: przekształcenie informacji pozycyjnej w plan segmentacji ciała    338
    Udział genów homeotycznych jest uniwersalną cechą rozwoju wyższych eukariontów    340
    Geny homeotyczne leżą również u podstaw rozwoju u roślin    341
    Podsumowanie 342
    Krótkie pytania otwarte 343
    Pytania problemowe 343
    Literatura uzupełniająca 344
  Rozdział 15 345
  Replikacja genomu 345
    15.1. Topologia replikacji genomu    345
    Struktura podwójnej helisy utrudnia proces replikacji    346
    Doświadczenie Meselsona–Stahla dowiodło semikonserwatywności replikacji    347
    Odkrycie topoizomeraz DNA pozwoliło na rozwiązanie problemu topologicznego    349
    Wariacje na temat replikacji semikonserwatywnej    351
    15.2. Faza inicjacji replikacji genomu    353
    Inicjacja replikacji DNA w komórkach E. coli    353
    Obszary inicjacji replikacji DNA w komórkach drożdży są równie dobrze poznane    354
    Identyfikacja miejsc inicjacji replikacji DNA w komórkach wyższych eukariontów okazała się znacznie trudniejsza    355
    15.3. Zjawiska zachodzące w obrębie widełek replikacyjnych    356
    Polimerazy DNA to maszyny molekularne produkujące (i degradujące) DNA    356
    Ograniczenia polimeraz DNA utrudniające replikację genomu    358
    Do ukończenia replikacji nici opóźnionej konieczne jest połączenie fragmentów Okazaki    359
    15.4. Terminacja replikacji genomu    361
    Terminacja replikacji genomu E. coli zachodzi w ściśle określonym obszarze    362
    Niewiele wiadomo o terminacji replikacji w komórkach eukariontów    363
    W niektórych komórkach to telomeraza kończy replikację cząsteczek chromosomowego DNA    364
    Wpływ długości telomerów na procesy starzenia komórkowego i nowotworzenia    367
    Unikalne rozwiązanie problemu skracania telomerów w komórkach Drosophila    368
    15.5. Regulacja replikacji genomu eukariotycznego    369
    Replikacji genomu wymaga synchronizacji z cyklem komórkowym    369
    Warunkiem przejścia punktu kontrolnego G1-S jest udzielenie miejscom inicjacji „licencji na replikację”    370
    Nie wszystkie miejsca inicjacji replikacji są wykorzystywane jednocześnie    371
    Komórka ma różne opcje na wypadek uszkodzenia genomu    373
    Podsumowanie 373
    Krótkie pytania otwarte 374
    Pytania problemowe 375
    Literatura uzupełniająca 375
  Rozdział 16 377
  Mutacje i naprawa DNA 377
    16.1. Przyczyny mutacji    377
    Błędy w replikacji są źródłem mutacji punktowych    378
    Błędy w replikacji mogą też doprowadzić do mutacji typu insercji i delecji    379
    Mutacje są również wywoływane przez mutageny chemiczne i fizyczne    382
    16.2. Napra wa mutacji i innych typów uszkodzeń DNA    386
    Systemy naprawy bezpośredniej wypełniają pęknięcia i korygują niektóre rodzaje modyfikacji nukleotydów    386
    Wycinanie zasad naprawia wiele rodzajów uszkodzonych nukleotydów    387
    Naprawa przez wycinanie nukleotydów koryguje bardziej rozległe uszkodzenia    389
    Naprawa błędnie sparowanych nukleotydów poprawia błędy replikacji    390
    Pęknięcia jedno- i dwuniciowe mogą być naprawiane    391
    Uszkodzenia DNA mogą być pomijane podczas replikacji genomu    393
    Defekty w naprawie DNA stanowią podłoże chorób człowieka, w tym nowotworów    394
    Podsumowanie    394
    Krótkie pytania otwarte 395
    Pytania problemowe 396
    Literatura uzupełniająca 396
  Rozdział 17 399
  Rekombinacja i transpozycja 399
    17.1. Rekombinacja homologiczna    400
    Modele rekombinacji homologicznej Hollidaya i Meselsona-Raddinga    400
    Model pęknięć dwuniciowych w rekombinacji homologicznej    402
    RecBCD jest najważniejszym szlakiem rekombinacji homologicznej u bakterii    403
    E. coli może także przeprowadzać rekombinację homologiczną za pomocą szlaku RecFOR    404
    Szlaki rekombinacji homologicznej u eukariontów    405
    Główną rolą rekombinacji DNA jest naprawa DNA    406
    17.2. Rekombinacja umiejscowiona    406
    Bakteriofag λ wykorzystuje rekombinację umiejscowioną podczas cyklu lizogennego infekcji    406
    Rekombinacja umiejscowiona jest pomocnym narzędziem w konstruowaniu roślin modyfikowanych genetycznie    407
    17.3. Tran spozycja    408
    Transpozycja replikatywna i konserwatywna transpozonów DNA    409
    Retroelementy podlegają transpozycji replikatywnej za pośrednictwem kopii RNA    409
    Podsumowanie 412
    Krótkie pytania otwarte 413
    Pytania problemowe 413
    Literatura uzupełniająca    414
  Rozdział 18 415
  Drogi ewolucji genomów 415
    18.1. Genomy: pierwsze
    10 miliardów lat    415
    Pierwsze systemy biochemiczne opierały się na RNA    415
    Pierwsze genomy zbudowane z DNA    418
    W jakim stopniu życie jest niepowtarzalne?    419
    18.2. Ewolucja cora z bard ziej złożonych genomów    420
    Sekwencje genomów kryją wiele śladów dawnych duplikacji genów    420
    Duplikacja genu może zajść na skutek wielu różnych procesów    423
    Możliwa jest też duplikacja całego genomu    424
    W różnych genomach, w tym w genomie człowieka, można odnaleźć też ślady mniejszych duplikacji    428
    Prokarionty i eukarionty mogą nabywać geny od innych gatunków    430
    W ewolucji genomu następują również rearanżacje istniejących genów    431
    Konkurencyjne hipotezy wyjaśniają pochodzenie intronów    433
    Ewolucja epigenomu    435
    18.3. Genomy: ostatnie 6 milionów lat    436
    Genomy człowieka i szympansa są bardzo do siebie podobne    436
    Paleogenomika pomaga zrozumieć niedawną ewolucję genomu człowieka    438
    18.4. Genomy dziś: zróżnicowanie populacji    439
    Pochodzenia HIV i AIDS    439
    Pierwsze migracje ludzi z Afryki    440
    Różnorodność genomów ułatwia uprawę roślin    442
    Podsumowanie    444
    Krótkie pytania otwarte    445
    Pytania problemowe 445
    Literatura uzupełniająca    445
  Słowniczek 447
  Indeks    445
RozwińZwiń