Molekularne techniki analizy RNA

Molekularne techniki analizy RNA

Ćwiczenia

1 opinia

Praca zbiorowa

Format:

pdf, ibuk

DODAJ DO ABONAMENTU

WYBIERZ RODZAJ DOSTĘPU

10,00

Format: pdf

 

Dostęp online przez myIBUK

WYBIERZ DŁUGOŚĆ DOSTĘPU

6,15

Wypożycz na 24h i opłać sms-em

10,00

cena zawiera podatek VAT

ZAPŁAĆ SMS-EM

TA KSIĄŻKA JEST W ABONAMENCIE

Już od 19,90 zł miesięcznie za 5 ebooków!

WYBIERZ SWÓJ ABONAMENT

Prezentowane w publikacji techniki są obecnie stosowane w większości laboratoriów zajmujących się biologią molekularną, ale ciągle brak ich opisu w literaturze polskojęzycznej. Wykłady do fakultetu „Molekularne techniki analizy RNA” obejmują aktualny stan wiedzy na temat metabolizmu RNA u eukariontów oraz teorię technik pozwalających na badanie poziomu RNA w komórce, nowo syntetyzowanego transkryptu oraz badania oddziaływań białek uczestniczących w transkrypcji.


Na ćwiczeniach praktycznych studenci poznają wybrane techniki badania RNA na przykładzie organizmów modelowych: drożdży Saccharomyces cerevisiae oraz rzodkiewnika Arabidopsis thaliana.


Prezentacja metod jest ilustrowana odpowiednimi przykładami, w których studenci samodzielnie badają poszczególne rodzaje RNA, jak utajnione, niestabilne transkrypty CUT czy microRNA, i etapy ich metabolizmu. Skrypt ten zawiera zarówno wprowadzenie teoretyczne odwołujące się do najnowszych pozycji literaturowych, jak i opis wykonania poszczególnych eksperymentów.


Skrypt adresowany do osób zainteresowanych metabolizmem RNA oraz nowoczesnymi, molekularnymi technikami jego badania – studentów wszystkich kierunków Wydziału Biologii i Międzywydziałowych Indywidualnych Studiów Matematyczno-Przyrodniczych Uniwersytetu Warszawskiego.


Liczba stron64
WydawcaUniwersytet Warszawski
ISBN-13978-83-235-1755-9
Numer wydania1
Język publikacjipolski
Informacja o sprzedawcyePWN Sp. z o.o.

INNE EBOOKI AUTORA

Ciekawe propozycje

Spis treści

  Wstęp     7
  
  1. Analiza northern – detekcja RNA na filtrach. Wykrywanie prekursorów rRNA u drożdży     9
  
    Opis i cel doświadczenia     9
  
  ĆWICZENIE 1. Izolacja całkowitego RNA z różnych organizmów oraz ocena jakościowa uzyskanego preparatu     10
  
  Metody izolacji RNA     10
  RNazy     10
  Dobra praktyka laboratoryjna     11
  Inhibitory RNaz     11
  Przechowywanie RNA     12
  Ocena jakości RNA     12
  Izolacja całkowitego RNA z komórek drożdżowych     13
  Literatura     14
  
  ĆWICZENIE 2. Elektroforetyczny rozdział RNA w żelu agarozowym i ocena jakości RNA     15
  
  Technika northern     15
  Znakowanie izotopowe     15
  Znakowanie nieizotopowe     15
  Detekcja znaczników nieradioaktywnych     16
  Elektroforeza RNA z drożdży w żelu agarozowym w warunkach denaturujących     16
  Transfer kapilarny     17
  
  ĆWICZENIE 3. Wykrywanie prekursorów rRNA u drożdży – hybrydyzacja     18
  
  Skład buforów     18
  Procedura hybrydyzacji     18
  Odpłukanie nadmiaru sond     18
  Wizualizacja hybrydyzacji     18
  Literatura     18
  
  2. Analiza northern – wykrywanie transkryptów CUT u drożdży     20
  
    Wstęp     20
  Co to są CUTy?     20
  Funkcje CUTów     21
  Literatura     21
  
  ĆWICZENIE 4. Elektroforeza RNA w denaturującym żelu poliakrylamidowym     23
  
  Elektroforeza RNA w 6% żelu poliakrylamidowym z 7 M mocznikiem     23
  Transfer elektryczny mokry     23
  
  ĆWICZENIE 5. Hybrydyzacja RNA na membranie z sondą radioaktywną specyficzną wobec IGS1-R, wyznakowaną metodą „random-priming”     24
  
  3. Wykrywanie małych RNA     25
  
    Wstęp     25
  Małe interferujące RNA: miRNA i siRNA     25
  Wybrane metody detekcji małych RNA (iRNA)     26
  Literatura     28
  
  ĆWICZENIE 4. Pulsacyjny RT-PCR, cz. 1 – pulsacyjna odwrotna transkrypcja     29
  
  Materiały     29
  Trawienie DNazą     29
  Pulsacyjna odwrotna transkrypcja     29
  
  ĆWICZENIE 5. Reakcja PCR – cz. 2     31
  ĆWICZENIE 6. Rozdział w żelu agarozowym produktów pulsacyjnego RT-PCR     32
  
  Przygotowanie próbek     32
  
  4. Badanie końców cząsteczek RNA na przykładzie drożdżowych prekursorów snoRNA. Technika cRT-PCR     33
  
    Wstęp     33
  RNaza H     33
  Ligacja RNA     34
  Literatura     34
  
  ĆWICZENIE 6. Trawienie RNazą H i ligacja RNA     35
  
  Trawienie RNazą H     35
  Ligacja RNA     36
  
  ĆWICZENIE 7. Reakcja odwrotnej transkrypcji i PCR     37
  
  Reakcja odwrotnej transkrypcji     37
  PCR     37
  
  ĆWICZENIE 8. Elektroforeza produktów PCR     38
  
  5. PCR ilościowy: RT-qPCR     39
  
    Wstęp     39
  Formaty detekcji produktów qPCR     39
  Kontrola jakości RNA     40
  Analiza doświadczeń qPCR     40
  Najbardziej kluczowe elementy RT-qPCR     41
  Literatura     42
  
  ĆWICZENIE 8. Projektowanie starterów do qPCR – konkurs na najlepszą parę starterów     43
  
  Wskazówki do projektowania starterów     43
  Wykonanie ćwiczenia     44
  
  ĆWICZENIE 9. Testowanie zaprojektowanych starterów do qPCR     45
  
  Przygotowanie starterów     45
  Przygotowanie reakcji qPCR     45
  
  ĆWICZENIE 10. Analiza reakcji qPCR     46
  
  6. Oznaczenia aktywności enzymów biorących udział w obróbce RNA     47
  
  Oznaczanie aktywności enzymów hydrolizy kapu     47
  Struktura kapu transkryptów polimerazy RNA II     47
  Hydroliza kapu     48
  Badanie enzymatycznej hydrolizy kapu     49
  Oznaczanie aktywności endonukleazy Rnt1     50
  Endonukleazy z rodziny RNazy III     50
  Rnt1     51
  Biogeneza sn/snoRNA u drożdży Saccharomyces cerevisiae, rola Rnt1     52
  Literatura     53
  
  ĆWICZENIE 11. Analiza aktywności Rnt1 w ekstrakcie drożdżowym     55
  
  Protokół     55
  
  7. Analiza oddziaływania białka z kwasem nukleinowym: test opóźnienia migracji w żelu (EMSA)     58
  
    Wstęp     58
  Analiza EMSA     58
    Terminacja transkrypcji polimerazy RNA I     59
  Literatura     60
  
  ĆWICZENIE 12. Wiązanie Reb1 do IGS1 rDNA in vitro     61
  
  Badane warianty IGS1 rDNA S. cerevisiae     61
  Wiązanie białka do DNA     61
  Rozdział w natywnym żelu poliakrylamidowym     61
  
  8. Sztuczne microRNA – amiRNA     63
  
    Wstęp     63
  Wybrane zalety amiRNA     64
  Wady amiRNA     64
  Literatura     64
  
  ĆWICZENIE 13. Projektowanie amiRNA     64
RozwińZwiń
W celu zapewnienia wysokiej jakości świadczonych przez nas usług, nasz portal internetowy wykorzystuje informacje przechowywane w przeglądarce internetowej w formie tzw. „cookies”. Poruszając się po naszej stronie internetowej wyrażasz zgodę na wykorzystywanie przez nas „cookies”. Informacje o przechowywaniu „cookies”, warunkach ich przechowywania i uzyskiwania dostępu do nich znajdują się w Regulaminie.

Nie pokazuj więcej tego powiadomienia